说道：“奉圣旨前来取《兰亭序》真迹，大师可随我入朝复命。”辩才见状，惊怒交加，却已无力回天，只能随其赴京献宝，返回寺院后就一病不起，不久便郁郁而终。
萧翼携《兰亭序》真迹回京，太宗见之大喜，当即加封萧翼为员外郎，并赏赐大量金银绸缎。此后，太宗将真迹“置之座侧，朝夕观览”，时常对着墨迹揣摩笔法，甚至亲自临摹。
太宗曾命当时的书法名家冯承素、欧阳询、褚遂良、虞世南等人，分别临摹《兰亭序》。其中，冯承素采用“双钩填墨”法摹写，最贴近真迹原貌，因摹本上有唐代“神龙”年号的印玺，后世称之为“神龙本”，成为流传最广、最受推崇的摹本。太宗将这些摹本与拓本分赐给皇子、重臣，《兰亭序》的书法影响力自此传遍天下。
贞观二十三年（公元649年），太宗病重，临终前对太子李治（即唐高宗）留下遗诏：“《兰亭序》真迹，当随吾入葬昭陵，伴吾长眠。”据《旧唐书·太宗本纪》记载，太宗下葬时，《兰亭序》真迹被置于其玉枕之下，一同封入昭陵地宫。
五代后梁时期，耀州节度使温韬以“盗墓闻名”（就是《画江湖之不良人》中温韬的原型，动画中温韬是不良人组织的天捷星校尉，代号“盗圣”，擅长盗墓与寻龙定穴，这与原型的历史记载是一致的）。据《新五代史·温韬传》记载，温韬在镇守关中的七年里，“悉发唐帝陵，取其金宝”，关中地区的十八座唐代帝陵，无一幸免，昭陵也未能逃过劫难。
温韬盗墓后，曾将所盗文物一一登记造册。据其出土清单记载，昭陵地宫内“钟繇、王羲之纸墨笔迹，如新手书”，明确提及了王羲之的很多真迹，却唯独没有《兰亭序》真迹的记录。这一矛盾，让《兰亭序》真迹的下落变得扑朔迷离，若真迹随太宗入葬，为何温韬的清单中没有记载？
围绕温韬盗墓清单，后世学者对《兰亭序》真迹的去向提出了四种主要推测：
推测一：真迹仍藏昭陵隐秘之处
部分学者认为，温韬盗墓时的主要目标是金银珠宝，对书画等文物并不重视，且昭陵地宫结构复杂，很可能存在温韬未发现的隐秘墓室。太宗或许早已预料到墓穴被盗的风险，将《兰亭序》真迹藏于隐蔽的地方，未被温韬察觉。
推测二：李治调包，真迹流出昭陵
北宋文学家蔡挺在《蔡宽夫诗话》中提出，唐高宗李治或许并未真正遵旨将真迹殉葬。他推测，李治本身也非常喜爱《兰亭序》，可能以一件摹本替代真迹，将真迹留在了宫中，后可能传入武则天手中。这一说法得到部分学者支持，认为以李治的性格，确实存在“违逆父命”的可能。
推测三：真迹被毁
温韬出身武夫，文化素养极低，对书画文物的价值认知有限。有学者推测，温韬在盗墓时，可能将《兰亭序》真迹当作普通废纸，或因纸张脆弱在搬运中损毁，或被其随意丢弃，最终化为尘土。
-推测四：郑玄素证言与真迹散佚
据《太平广记》记载，温韬的外甥郑玄素曾随温韬一同进入昭陵地宫，亲眼见过《兰亭序》真迹，“纸墨尚新，字如龙凤飞舞”。但温韬后来因谋反被诛杀，其所盗文物也被瓜分散佚，《兰亭序》真迹可能在此时流入民间，后因战乱等原因彻底失踪。
四种推测各有依据，却都缺乏确凿证据，昭陵之下的《兰亭序》真迹，如同被历史迷雾笼罩，真假难辨。
从晚唐开始，另一种关于《兰亭序》真迹下落的说法逐渐流传：真迹并未藏于昭陵，而是被武则天带入了乾陵。
宋代文人欧阳修在《新五代史》中曾提及“或言《兰亭序》在乾陵”，米芾在《书史》中也记载“《兰亭序》真迹，为则天所秘藏，后随葬乾陵”。
这种说法也并非捕风捉影，史书记载，武则天