--尤克岛岛，那里是二人以前修练的地方，那里还遗留着不少当时的痕迹，二人回忆起往昔的同时，又再一次的审视了自己
在尤克岛回忆往事的同时，爱德华和阿尔丰斯也后悔着往犯下的过失，但他们决意即使如此也要继续前进，就在这时候，本来应该是无人的森林中，出现了一位会使用錬金术的神秘少年
泉从尤克岛带回来的少年，他的右肩上有旧伤痕，那跟爱德华小时候受的伤很相似，在爱德华追问下少年逃跑了
另一方面，马斯·灰兹的继任者富兰克·阿查与阿姆斯特朗少佐一起追踪爱德华他们的行踪，终于来到了达布里斯
少年右脚上有洛尔波罗斯的纹章，围绕着他，军部、金布利、艾尔林克兄弟、还有泉在南方司令部对峙着
另一方面，洛伊接到大总统的命令，为了逮捕欺卡，率领军队前往基修阿近郊的贫民区
拥有爱德华失去了的右手和左脚的少年名叫拉斯，他是泉施行人体錬成失败后制造出来的人造人
拉斯为了成为真正的人类，搜集身体欠缺的其他部份，于是袭击爱德华
第33话「被囚禁的阿尔丰斯」
在但丁之馆，格利特率领合成兽军团来袭，并带走了阿尔丰斯，阿尔丰斯被囚禁在他们的根据地--市外的酒馆devilsnest，在那里，格利特追问他有关永远生命的秘密
在devilsnest展开了歼灭不稳定份子作战，弓箭队的士兵把格利特合成兽军团一个接着一个的射杀，格利特因为金布利和塔卡的背叛，接着又受到拉斯特和布拉托尼的攻击，最后被逼逃跑
拉斯特在偶然的机会下再次遇上以前认识的露乔
两年前，露乔为了寻找治疗突然侵袭村庄的怪病--石化病而日夜钻研錬金术
传闻以往曾经有人在伊斯巴尔研制出贤者之石
在南部边境的地方，爱德华和阿尔丰斯与被军队护送的伊斯巴尔人接触，得知有位老人知道有关贤者之石的事情，爱德华阿尔丰斯和温莉向着这位老人身处的基修阿市进少尉接到军队内务课的命令要监察马斯坦大佐，他与布雷特、法尔曼和费尔利开始记录秘密的「洛伊?马斯坦监察日记」
这样子，不为人知的马斯坦大佐的日常姿态到底是怎样的呢?
在继续向着伊斯巴尔进的途中，爱德华和阿尔丰斯闹意见，他们在到底要先阻止斯卡，还是要先取回原来的身体意见不合
另一方面，独自追查马斯·灰兹事件的谢斯卡好不容易得到了某个假设
在途中，马特尔把有关自己过去隶属特殊部队的事情告诉爱德华和阿尔丰
也揭露出伊斯巴尔爆内战的真相。
就在这时候，为了镇压反抗势力，阿查率领军队来到里奥
金布利背叛了格利特以及同伴，回到了军部，找到了这可恨的仇人，马特尔不理会阿尔丰斯的阻止，一口气冲前袭击他
另一方面，在里奥，爱德华和斯卡终于对峙
里奥因失去领导人而陷入混乱中，军部趁着这场混乱意图策划军事性镇压，最后，镇压部队进入了市内，而欺卡则想利用这场混乱完成贤者之石
追寻贤者之可之人必将灭亡，现在又再一次，里奥将会成为新传说中的另一个牺牲的城市，受到大总统的命令，金布利率领合成兽部队攻击里奥
可是，热切的想替伊斯巴尔报复的欺卡站在前面阻挡着
爱德华和阿尔丰斯从里奥里突然失去了踪影，在军部和霍尔蒙克斯的追赶着成为贤者之石的阿尔丰斯，爱德华和阿尔丰斯继续向着利赞布鲁逃亡
在躲藏在利赞布鲁的爱德华和阿尔丰斯面前出现了一个非常意外的人物，他就是二人十多年前离家后一直不知所踪的爸爸霍恩海姆
在中央的旧城