元国家錬金术师?蒂姆马鲁克医生在过去的伊斯巴尔内战中，从军队中逃跑出来，爱德华和阿尔丰斯为了寻找这位贤者之石的研究者来到海德村，爱德华想他交出从军队中拿出来的贤者之石的研究资料
爱德华和阿尔丰斯被斯卡追赶得走投无路，幸好在千钧一之际得到阿姆斯特朗的帮助，于是带着蒂姆马鲁克医生逃脱。
得知斯卡是伊斯巴尔人后，蒂姆马鲁克医生回忆起当日的战争，伊斯巴尔内战的凄惨真实
为了修理被斯卡破坏的机械铠甲，爱德华和阿尔丰斯决定回到利赞布鲁
从蒂姆马鲁克医生那里秘密得来的留言里记载着贤者之石的研究资料存放的地点，那地点就是中央图书馆的第一分馆，爱德华和阿尔丰斯跟从这好不容易到手的线索再次出
爱德华和阿尔丰斯为了修理机械铠甲再次回到利赞布鲁
从把自己的家烧毁，踏上寻找贤者之可的旅程开始，再次回到故乡已经相隔了四年
皮纳可和温莉一边说着难听的话，一边温暖的欢迎二人
爱德华和阿尔丰斯为了得到蒂姆马鲁克医生遗留下来的贤者之石的资料--「马鲁克笔记」再次回到中央，可是，资料的存放地--中央图书馆第一分馆却因为火灾而消失了，根据目击者的供词，引起火灾的犯人就是欺卡
为了取回失去的一切，艾尔林克兄弟一直不断的追寻贤者之可，但却现那原来是要牺牲活人才能得到的东西
爱德华受到严重的打击，决心寻找马鲁克遗留下来的留言中那句「真相中的真相」的真正意思
爱德华和阿尔丰斯现了原来研究贤者之石的地点就是「第五研究所」，应该是废墟的「第五研究所」却隐藏着无数的陷阱，接着有两个黑影袭击爱德华和阿尔丰斯，原来他们是死囚48号和66号
爱德华和48号死囚在「第五研究所」展开决战，为了得到贤者之石的情报，攻防战在继续着
另一方面，在研究所的中庭，阿尔丰斯和66号的战斗也开始了
爱德华深入研究所内部，那里是以往为了把錬金术转为军事用途而进行大规模生体錬成的地方，研究所内放置了大量未完成的贤者之石和巨大的錬成阵，塔卡提议爱德华利用这些资料来完成贤者之石
爱德华伤痕累累的在医院的病床朦胧中清醒过来
阿尔丰斯也以半坏的姿态被放置在房间的一角，虽然距离贤者之石只差一步，爱德华却因为自己未能踏出这步而内心受到折磨
困惑的阿尔丰斯，怀疑自己的记忆和灵魂都是虚假的，于是从爱德华面前逃走，独自站立于街角的他，遇上了两位伊斯巴尔少年兄弟莱昂和利克，二人把阿尔丰斯带到伊斯巴尔人隐密的营地，在那里，阿尔丰斯再次遇上了意想不到的人
爱德华和阿尔丰斯摸索不让大家面临危险而又能够恢复回状的方法，二人为了寻找这可能性以及跟师父见面，决定前往达布里斯，温莉与他们俩人同行前往途中经过机械铠的圣地拉什巴兰
另一方面，继续调查有关第5研究所和贤者之石的马斯·灰兹现了某件事实，可是就在这时候
爱德华和阿尔丰斯还有温莉来到机械铠的圣地拉什巴兰，温莉看到遍布街上的机械铠工厂兴奋非常
三人在拉什巴兰有名的机械铠ar91rest1g大赛上，遇见了双手和双脚都是机械铠造成的女孩帕尼尼亚
爱德华和阿尔丰斯被他们最害怕的人--他们的錬金术师父泉·卡提斯--在拉什巴兰抓住了
得知爱德华成为「军队的走狗」国家錬金术师后，泉·卡提斯怒不可遏，带着二人前往达布里斯，另一方面，东方司令部的马斯坦接到调动回中央的正式辞令
泉·卡提斯把爱德华和阿尔丰斯带到泉的卡洛衣湖的孤岛