李可灼忠君爱国，暂免追责”。这道圣旨成了东林党攻击他的铁证，可细想之下，他若真是凶手，何必留下这么明显的把柄？更像是慌乱中的失策。
疑点四：朱常洛自身的身体。他登基前就“体素弱”，登基后又连纳数名宫女，纵欲过度，本就虚亏。泻药伤了脾胃，红丸的热毒又攻心，或许根本不需要“谋杀”，他的身体早已撑不住了——红丸，不过是压垮骆驼的最后一根稻草。
可当时的人，没人愿意相信“巧合”。明末的朝堂，早已被党争撕裂，任何一件事都能被贴上“派系标签”。东林党需要一个理由打击浙党，浙党需要撇清自己，宫廷势力需要掩盖真相，于是红丸成了所有人的武器。
泰昌帝的棺椁还停在乾清宫，朝堂上的争论却渐渐变了味。
东林党人意识到，一味追究红丸案，反而会让浙党团结起来。他们需要尽快稳定局势，拥立朱常洛的长子朱由校继位，才能巩固自己的势力。于是，争论的焦点从“谁害死了皇帝”，变成了“如何处置凶手”。
最终的结果草草了事：李可灼被判“流放戍边”，崔文升被贬到南京孝陵种菜，方从哲被“勒令致仕”（退休），郑贵妃则被软禁在慈宁宫，不许再干预朝政。红丸案，就这么“结”了。
没人再问红丸的来历，没人再查补药里的巴豆是谁放的，没人再管李可灼和崔文升的供词为何矛盾——对掌权者来说，稳定比真相重要。
东林党借着红丸案，把浙党排挤出了内阁，暂时掌控了朝政；朱由校继位，是为天启帝，这位喜欢木工的皇帝，对朝堂之事毫无兴趣，很快就把权力交给了太监魏忠贤——而魏忠贤，正是从司礼监一步步爬上来的，对红丸案的“内情”了如指掌。
几年后，魏忠贤掌权，翻出红丸案旧账，说“东林党借红丸案诬陷忠良”，把杨涟等东林党人抓进大牢，酷刑折磨致死。那些曾喊着“彻查红丸”的人，最终成了红丸案的又一批牺牲品。