涟连夜写了奏折，说“红丸来历不明，李可灼非医非官，擅进药物，恐有奸谋”，可奏折递到乾清宫，却被太监拦了下来——皇帝正在“静养”，谁也不见。
第二天，李可灼又捧着红丸来了。这次方从哲拦住了他：“陛下刚见好转，何必急于求成？”李可灼却掏出一封手谕，是朱常洛亲笔写的“朕自觉神清气爽，速进二丸”。
正午刚过，朱常洛服下第二颗红丸，他咽下药丸，对李可灼说：“若朕康复，封你为太医院使。”李可灼刚磕头谢恩，就听龙床上的皇帝突然发出一声惨叫，双手捂着胸口，身体像虾米一样蜷缩起来，嘴角溢出黑血。
泰昌元年九月初一（1620年9月26日）五更，登基仅一个月的朱常洛，在乾清宫驾崩，享年三十九岁。那两颗红丸，终究没能让他熬过这个秋天。
皇帝暴毙的消息像炸雷，轰动了刚平静没几天的朝堂。
最先跳出来的是东林党人。杨涟拿着弹劾李可灼的奏折，在文华殿哭着喊：“红丸有毒！李可灼是奸贼！方从哲包庇凶手，罪该万死！”
东林党人纷纷附和，说红丸里的朱砂本就有毒，两颗下肚，分明是蓄意谋杀；李可灼一个小官，怎敢擅自给皇帝进药？背后定有人指使；方从哲身为首辅，不拦着反而纵容，必是同谋！
矛头直指方从哲，更隐隐指向了郑贵妃。有御史说，李可灼早年在福建时，曾受过郑贵妃侄子的恩惠；还有人翻出旧账，说方从哲在梃击案中就主张“速结此案”，如今又放任红丸进献，分明是想让太子一脉彻底断绝。
方从哲气得浑身发抖，他确实与郑贵妃交好，却从未想过害皇帝。他辩解道：“红丸是陛下亲令服用，臣曾劝阻，奈何陛下坚持！”可没人信他——在东林党看来，浙党与郑贵妃本就是一丘之貉，皇帝死了，他们最受益。
朝堂上吵成一团，有人要抓李可灼严刑拷打，有人要罢免方从哲，有人甚至喊着“彻查郑贵妃”。乾清宫内外，太监们忙着收拾皇帝遗物，却在龙床底下发现了一个空药盒，正是郑贵妃当初送来的“补药”，里面残留的药渣经太医查验，竟有大量的巴豆——泻药！
这下更炸了锅。“郑贵妃先用泻药掏空陛下身体，再让李可灼进红丸下毒，好立福王为帝！”
可郑贵妃却躲在慈宁宫，对着万历的牌位哭：“我若想害他，何必等到今日？”她确实送了宫女和补药，却没想到补药里会有巴豆——那药是她让内侍去太医院拿的，谁会在里面动手脚？
更诡异的是李可灼的供词。他被抓进大牢后，先是说红丸是“异人所赠”，问他异人是谁，又说“记不清了”；问他为何敢进药，只说“是司礼监太监崔文升让我去的”。
崔文升是谁？郑贵妃的心腹太监，也是当初给朱常洛开“凉药”的人。可崔文升被抓来对质，却一口咬定“从未见过李可灼”。两人各执一词，像两只被线牵着的木偶，在审讯官面前演着一出漏洞百出的戏。
红丸案的疑点，像一团乱麻，纠缠不清。
疑点一：红丸到底是什么？后世学者考证，红丸的主要成分是朱砂（硫化汞）、人参、鹿茸，确实含剧毒。但明朝的丹药里，朱砂是常见成分，认为“以毒攻毒”。李可灼若真想下毒，何必用这么明显的毒物？更奇怪的是，第一颗红丸确实让皇帝好转，第二颗却致命——是剂量问题，还是有人在第二颗里动了手脚？
疑点二：郑贵妃的补药为何有巴豆？是她故意为之，还是内侍被人买通？郑贵妃在万历朝争了二十年储位，如今朱常洛已登基，福王远在洛阳，她就算杀了皇帝，也未必能立福王，反而会引火烧身。这步棋，太蠢了。
疑点三：方从哲的角色。他作为首辅，在皇帝病重时确实处置失当：既没阻止红丸，也没彻查泻药，甚至在皇帝死后还拟了道圣旨，说“