对，朝堂上分成了两派，这就是明朝历史上着名的“大礼议”之争。
杨慎此时刚满三十五岁，正是血气方刚的年纪。他觉得父亲的主张是“守正”，而张璁、桂萼这些支持皇帝的大臣是“媚上”。嘉靖三年（1524年）七月，当嘉靖帝下旨追封兴献王为“皇考恭穆献皇帝”时，杨慎再也忍不住了。
七月十五日那天，杨慎在朝堂上振臂一呼：“国家养士百五十年，仗节死义，正在今日！”两百三十多位大臣响应，跟着他跪在左顺门外哭谏。史料记载，那天的哭声震得宫墙都在颤，大臣们有的捶打宫门，有的哭喊“高皇帝（朱元璋）、孝宗皇帝”，还有人把朝笏（hu，古代大臣上朝时拿的手板，用玉、象牙或竹片制成，上面可以记事）往地上摔，说：“我们这些官，不如不当了！”
嘉靖帝在文华殿里听得心烦，派太监传旨让他们退下，可没人动。太监回来禀报：“杨慎说，不收回成命，就跪到死。”嘉靖帝猛地拍了桌子：“锦衣卫，给朕打！”
锦衣卫缇骑如狼似虎地冲进人群。杨慎被两个校尉架起来，廷杖的板子落在背上，他闷哼一声，鲜血瞬间浸透了官袍。
这一顿打，打死了十六位大臣，杨慎虽然活了下来，却被打得皮开肉绽。三天后，圣旨下来：杨慎充军云南永昌卫，永远不许回京。
从北京到永昌卫，有三千里。杨慎拖着伤体，戴着枷锁，走在崎岖的山路上。押送的校尉是个陕西人，见他一路咳嗽不止，偷偷解开了他的枷锁。
走到湖南辰溪，杨慎得了场大病，高烧不退，当地有个姓王的老郎中，听说他是因“大礼议”被贬的杨状元，背着药箱跑了几十里路来看他。老郎中给他喂药时说：“我孙子在国子监读书，常说杨大人是忠臣。您可不能死啊。”
病好后，杨慎继续南行。过贵州镇远府时，他在舞阳河畔的石壁上题了首诗：“楚塞三湘接，黔城万壑通。夜郎天外怨，巴国雨中愁。”字里行间多了几分颠沛流离的苍凉。
到了永昌卫，迎接他的是低矮的土牢和弥漫的瘴气。卫所的军官见他是个文弱书生，说：“杨大人，这里可不是北京的翰林院，得自己挑水种地。”杨慎没说话，第二天就拿起扁担，学着当地人的样子去井边挑水。
可他毕竟是状元郎。晚上躺在草堆上，他就着油灯读《史记》《汉书》，遇到精彩的地方，就记在竹片上。当地有个叫张含的秀才，听说来了位状元，跑来拜访，见他在竹片上写满了批注，惊得说不出话：“大人都这样了，还读书？”杨慎笑：“不读书，跟草木有啥区别？”
渐渐地，云南的文人都知道了永昌卫有个被贬的状元。有人从大理送来宣纸，有人从昆明捎来墨锭，还有土司（明清时期少数民族地区的世袭首领）派子弟来向他求学。杨慎干脆在卫所旁盖了间茅屋，取名“写韵楼”，白天教孩子们读书，晚上就着书立说。
他在云南的三十多年里，写了两百多部着作，涉及经史、诗文、音韵、民俗，简直是一部“明代云南百科全书”。研究《易经》时，他发现前人注释有错误，就翻山越岭去拜访纳西族的东巴（纳西族中主持祭祀、通晓东巴文的人），从东巴经里找佐证；写《滇程记》时，他徒步走遍了云南的山川，连哪个山寨产好茶、哪个渡口有急流都记在本子上。
当地百姓喜欢他的平易近人。有次他去赶集，见个卖柴的老汉在哭，问了才知道，老汉被地主骗了，柴钱没拿到。杨慎当即写下状纸，帮老汉告到了知府那里。知府见是杨慎的笔迹，不敢怠慢，当即判地主还了钱。
嘉靖三十八年（1559年），杨慎已经七十二岁了。这年冬天，永昌卫下了场罕见的大雪，他坐在“写韵楼”里，看着窗外的红梅，突然想喝酒。学生们凑钱买了壶当地的米酒，他喝了两杯，说：“拿纸笔来。”
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