八年（公元1281年），漕船在渤海遇风暴，几十艘船被浪打翻，粮食眼看就要沉入海底。漕运官慌了神，跪在船头祈祷：“若妈祖显灵护粮，必奏请朝廷册封！”话音刚落，海面忽然平静下来，漕官抬头一看，见妈祖立于云端，手持玉如意，对着漕船一挥，沉入海中的粮食竟被一股水流托了起来，重新回到船上。此事传到大都，元世祖忽必烈下旨册封妈祖为“护国明着天妃”，还在泉州、上海等地修建天妃宫，供漕运官员和渔民祭拜。
明朝永乐年间，郑和奉命七下西洋，每次出海前，都会去南京的天妃宫祭拜妈祖。永乐三年（公元1405年），郑和第一次下西洋，船队行至南海，遇上海怪——那海怪形如巨鲸，口吐黑水，能掀翻大船。船员们吓得魂飞魄散，郑和急忙率领众人祭拜妈祖，祈求保佑。不多时，海面红光乍现，妈祖手持拂尘，与海怪斗法，拂尘一挥，黑水便化作白雾，海怪见状，掉头就逃，再也不敢出现。郑和在西洋期间，还多次遇险，都是妈祖显灵相助，比如在印度洋遇台风，妈祖指引船队找到避风港；在暹罗（今泰国）遇海盗，妈祖显灵让海盗的船搁浅。永乐帝得知后，下旨册封妈祖为“弘仁普济天妃”，还命人在郑和经过的东南亚国家修建天妃宫，让妈祖信仰传到了海外。
清朝康熙年间，施琅奉命收复台湾。康熙二十二年（公元1683年），施琅率领战船从福建出发，行至澎湖列岛，遇台风，战船被浪打得东倒西歪，士兵们士气低落。施琅想起妈祖的护佑，便在船头设立妈祖神位，率领众人祭拜。祭拜完毕，台风忽然转向，海面平静下来，施琅趁机发动进攻，大败郑军，收复了台湾。事后，施琅上奏朝廷，请求册封妈祖。康熙皇帝下旨册封妈祖为“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”，简称“天后”，从此，妈祖从“天妃”升格为“天后”，成为全国性的海洋女神，信仰遍及沿海各省，甚至传到了东北的辽东半岛。
妈祖能成为“天后”，不仅因为她显灵事迹众多，更因为她的职能独一无二——专为航海服务，这与管河流的河伯、管水域秩序的龙王有着本质的区别。
河伯是古代传说中掌管河流的神，《庄子》《楚辞》中都有记载，说他“乘白鼋兮逐文鱼，与女游兮河之渚”，主要负责河流的通畅与灌溉，却管不到海洋。有一次，福建漳州的渔民李某，因家乡发洪水，想驾船沿九龙江进入东海避难，行至河口时，洪水湍急，船被冲得打转，李某以为河伯发怒，便扔了一头猪到河里祭祀，可洪水反而更急，船差点撞在礁石上。这时，李某想起妈祖，急忙呼喊“妈祖救我”，只见一道红光从东海方向飘来，妈祖手持拂尘，对着河水一挥，洪水便顺着河道分流，船顺利进入东海。
龙王则是掌管水域的神，能行云布雨、兴风作浪，既管河流，也管海洋，却常常“喜怒无常”——高兴时能让海面风平浪静，不高兴时就会发风暴、掀海啸，危害渔民。有一次，湄洲岛的渔民出海捕鱼，龙王因不满渔民“捕鱼过多”，便在海面兴风作浪，浪头高过桅杆，渔船眼看就要倾覆。渔民们急忙呼喊“妈祖救我”，妈祖的身影很快出现在浪头之上，她手持玉如意，对着龙王说道：“渔民靠海为生，捕鱼是天性，你若害他们，便是违背天道。”龙王见妈祖面色威严，身边有红光护体，知道自己不是对手，只好收起风暴，低着头退去。从此，龙王再也不敢在湄洲岛附近兴风作浪，还常常暗中协助妈祖护佑渔船——有渔民说，看到过龙王派虾兵蟹将，把迷失方向的渔船引到避风港。
对妈祖的信仰随着航海者的脚步，传到了东南亚各国，成为连接中国与东南亚海洋文化的纽带。
永乐年间，郑和下西洋时，曾在暹罗、满剌加（今马来西亚马六甲）、爪哇（今印度尼西亚爪哇岛）等地修建天妃宫。永乐五年（公元1407年），郑和的船队行至满剌加，遇