竟断了默娘的神魂与肉身的联系。默娘在海上的身影瞬间淡了几分，她知道自己不能再久留，便用拂尘指向南方，对林愿喊道：“父亲，往南走，那里有避风港！”说完，身影便化作一道红光消失了。林愿不敢耽搁，指挥船队顺着默娘指引的方向行驶，果然找到了一处避风港，船队虽有损伤，却无人伤亡。可他的长子林洪毅——也就是默娘的兄长，正驾着另一艘渔船在附近海域捕鱼，因未得默娘指引，渔船被黑风打翻，林洪毅不幸溺亡。
默娘醒来后，得知兄长遇难，哭得昏天黑地。她知道是自己的神魂被打断，才没能救下兄长，从此更加坚定了“护佑航海”的决心。此后，她不仅在岸上点红灯指引渔船，还常乘一叶小舟，去海中救助遇险的船只。有一次，十多艘渔船在远海遇上海啸，浪头把渔船冲得七零八落，渔民们抱着木板在海里挣扎。默娘驾着小舟，手持拂尘，在浪涛中穿梭，拂尘一挥，就有一道红光裹住一个渔民，将他送到小舟上。她往返数十次，直到把所有渔民都救上岸，自己却因神力耗尽，倒在沙滩上昏睡了一天一夜。
渔民们感激不尽，集资给默娘建了一座小庙，就在湄洲山的红灯旁，庙里供奉着默娘的画像，画像上的她身着红衣，手持拂尘，面带慈悲。从此，渔民们出海前都会来庙里祭拜，求默娘保佑平安，回来后也会带些鱼虾作为供品，小庙的香火渐渐旺了起来。
宋雍熙四年（公元987年）九月初九，默娘年满二十八岁。这日清晨，她对家人说：“我自幼受海神庇佑，今已功德圆满，当归海上，护佑更多航海之人。”家人以为她只是随口说说，没放在心上。可到了午时，湄洲岛忽然飘起漫天祥云，海面上响起阵阵仙乐，默娘身着红衣，手持拂尘，从湄洲山飘起，脚下踩着一朵莲花，缓缓向东海飞去。岛上的百姓都看到了这一幕，纷纷跪地叩拜，呼喊着“默娘”的名字，直到她的身影消失在海天相接之处。
默娘羽化后，渔民们仍能时常见到她的身影。有一次，渔民邵某带着五名船员去外海捕鱼，遇上了台风，船舵被吹断，船身像一片叶子在浪里翻滚。邵某等人抱着船舷，眼看就要被海水吞没，邵某忽然想起默娘，大声喊道：“妈祖救我！”（“妈祖”是闽语“母亲”的意思，渔民们见默娘护佑如母，便称她为“妈祖”）话音刚落，海面忽然亮起一道红光，默娘的身影出现在浪头之上，她用拂尘一指，断了的船舵竟自动归位，台风也渐渐平息，船顺着水流漂到了湄洲岛的岸边。邵某等人上岸后，连忙去默娘的小庙祭拜，发现庙里默娘画像的衣角，竟沾着几滴海水。
此事传开后，“妈祖显灵”的说法越来越广。宋绍兴二十年（公元1150年），海盗蔡牵率领船队袭扰湄洲岛，想抢夺渔民的粮食和渔船。渔民们躲在岛上的山洞里，眼看海盗的船就要靠岸，忽然海面上起了大雾，雾中响起阵阵钟声，海盗们分不清方向，船舵也不听使唤，竟互相撞在了一起。这时，渔民们看到雾中有一道红光，红光里的妈祖手持拂尘，对着海盗的船一挥，海盗的船就开始漏水，海盗们吓得纷纷跳水逃生，最后被赶来的官兵擒获。事后，渔民们发现，默娘小庙的钟声，竟自己响了半个时辰。
随着妈祖显灵的事迹越来越多，朝廷也开始注意到这位“海洋女神”。宋高宗绍兴二十六年（公元1156年），因福建安抚使上奏“妈祖救沿海渔船数千艘”，宋高宗下旨册封妈祖为“灵惠夫人”，这是妈祖第一次得到朝廷的册封。此后，宋孝宗、宋光宗、宋宁宗相继册封，从“灵惠昭应夫人”到“灵惠昭应崇福夫人”，再到“灵惠昭应崇福善利夫人”，妈祖的封号越来越高，信仰也从湄洲岛传到了福建、广东、浙江等沿海地区。
元朝时，海运成为朝廷运送粮食的重要方式，每年都有大量漕船从江南出发，经东海、渤海运往大都（今北京）。元世祖至元十