查。乾隆帝密谕各省督抚：“凡书中有诋毁本朝、违碍圣贤之义者，须一律查出，或删改，或抽毁，或全毁。”（《办理四库全书档案》）审查标准极为严苛，凡涉及反清思想、民族矛盾、华夷之辨的内容，均在禁毁之列。据统计，整个纂修期间，全毁书籍2400余种，抽毁书籍400余种，销毁书版50余种，“其数量几乎与《四库全书》收录的书籍相当”（《清代禁书总述》）。
最具代表性的是对钱谦益、屈大均等人着作的禁毁。钱谦益因“仕明又仕清”，其《初学集》《有学集》被斥为“荒诞悖谬”，下令“全行销毁”；屈大均的《翁山文外》因有反清言论，不仅书籍被毁，连其文集的刊刻者、收藏者也遭株连。这种“寓禁于征”的做法，造成文化典籍的重大损失。
《四库全书》的编纂，本质上是对中国传统知识体系的一次系统梳理。其分类遵循西晋荀勖《中经新簿》确立的经、史、子、集四部分类法，但又根据时代发展加以调整，形成更为精密的分类体系。
经部收录儒家经典及注释，分为易、书、诗、礼、春秋、孝经、五经总义、四书、乐、小学10类，体现“经为万世之纲”的思想；史部收录历史着作，分为正史、编年、纪事本末、别史、杂史、诏令奏议、传记、史钞、载记、时令、地理、职官、政书、目录、史评15类，涵盖了中国史学的全貌；子部收录诸子百家及科技着作，分为儒家、兵家、法家、农家、医家、天文算法、术数、艺术、谱录、杂家、类书、小说家、释家、道家14类，反映了古代学术的多元性；集部收录文学作品，分为楚辞、别集、总集、诗文评、词曲5类，汇集了历代文学精华。
每部书收录前，均由纂修官撰写提要，“论其得失，辨其真伪，定其版本”，最后由纪昀统一润色，汇成《四库全书总目提要》200卷，成为中国古代最完备的书目着作。纪昀在《总目提要·序》中阐述其编纂宗旨：“辨章学术，考镜源流，使千百年之载籍，总汇于一编，以备稽考。”
至乾隆四十六年（1781年），第一部《四库全书》抄写完成，共收录书籍3461种，卷，分装册，总字数约8亿字，装订成黄色经折装，经部用青绢封面，史部赤绢，子部白绢，集部黑绢，象征“春夏秋冬”四季，极为考究。
乾隆帝深知“书成之后，当广存副本，以防散佚”，遂决定仿照宁波天一阁的建筑形制，在全国修建七座藏书楼，分藏《四库全书》。这七阁分为“内廷四阁”和“江南三阁”，内廷四阁包括：
-文渊阁：位于紫禁城内文华殿北侧，乾隆四十一年（1776年）建成，藏第一部《四库全书》，供皇帝随时阅览。
-文溯阁：位于沈阳故宫，乾隆四十七年（1782年）建成，藏第二部，象征清廷对东北发祥地的重视。
-文源阁：位于圆明园，乾隆四十年（1775年）建成，藏第三部，毁于咸丰十年（1860年）英法联军之火。
-文津阁：位于承德避暑山庄，乾隆四十九年（1784年）建成，藏第四部，现藏国家图书馆。
江南三阁包括：
-文宗阁：位于江苏镇江金山寺，乾隆四十四年（1779年）建成，藏第五部，毁于太平天国战乱。
-文汇阁：位于江苏扬州大观堂，乾隆四十五年（1780年）建成，藏第六部，同样毁于太平天国战乱。
-文澜阁：位于浙江杭州西湖孤山，乾隆四十九年（1784年）建成，藏第七部，战乱中部分散佚，后经补抄恢复完整。
七阁均“仿天一阁之制，前有池，后有山，阁分六间，取‘天一生水，地六成之’之意，以避火灾”（《南巡盛典》卷三十一）。其中江南三阁允许文人入阁抄阅，“士子有愿读中秘书者，许其呈明，赴阁抄录”（《清高宗实录