良等宦官前往查看，再埋伏士兵将其诛杀。太和九年十一月二十一日，计划正式实施。
当天清晨，文宗驾临紫宸殿，李训奏报：“左金吾卫庭中降甘露，是上天佑我大唐，请陛下前往观之。”文宗故作惊喜，命仇士良率宦官前往验证。仇士良带着十几名宦官来到左金吾卫衙门，刚走进庭院，便察觉异常：庭院里的“杂役”虽穿着粗布衣服，却个个身形健壮，不像普通杂役，更像行伍出身的士兵。
恰在此时，一阵风吹过，掀起了庭院里遮挡的幕布——幕布后，埋伏的士兵手持刀枪，赫然暴露。仇士良瞬间明白过来，大喊“有诈！”，转身便往外跑。守门的士兵想阻拦，却被仇士良身边的宦官推开，一行人连滚带爬地逃回紫宸殿。
回到殿中，仇士良一把抓住文宗的龙袍，将他拽到自己身边，厉声喊道：“陛下快走！李训谋反！”不等文宗辩解，便命宦官抬着文宗的御辇，往内宫方向狂奔。李训见计划败露，立刻命埋伏的士兵冲出，与宦官展开厮杀——紫宸殿前，刀剑碰撞声、喊杀声、惨叫声交织在一起，鲜血染红了台阶与栏杆。
仇士良一边护着文宗往内宫退，一边命人火速调集神策军入宫平叛。神策军士兵接到命令后，如狼似虎地冲进皇宫各衙门，按照“凡非宦官者，一律诛杀”的指令，对官员、侍卫、杂役展开屠杀。宰相王涯正在政事堂办公，被神策军士兵拖出，押至仇士良面前，未及辩解便被斩首；宰相贾餗、舒元舆，以及李训的亲信大臣，也先后被杀。
当天，长安城内血流成河，遇难的朝臣、士兵、平民多达数千人，史称“甘露之变”。经此一役，文宗彻底沦为傀儡，仇士良则完全掌控朝政——他不仅总揽神策军，还能随意任免官员，甚至可以当面斥责文宗。一次，仇士良因小事不满，当着大臣的面质问文宗：“陛下为何偏袒李训？难道忘了紫宸殿的事吗？”文宗吓得浑身发抖，竟无言以对。
开成五年（840年），文宗病重，临终前想立太子李成美为帝。仇士良却假传圣旨，废黜李成美，拥立穆宗第五子李炎（武宗）即位。武宗即位和，封仇士良为楚国公，允许他入朝不拜。
但武宗与文宗不同，他性情刚毅，且重用宰相李德裕——李德裕是坚定的“反宦”派，多次向武宗建议削弱宦官权力。武宗渐渐采纳李德裕的意见，开始一步步收回仇士良的权力：先将神策军中仇士良的亲信调往外地，再任命自己的亲信为神策军副将，逐步掌控军权；朝堂上，武宗则支持李德裕整顿吏治，减少宦官对朝政的干预。
仇士良察觉到武宗的意图，曾试图反击——他暗中散布谣言，说李德裕“勾结藩镇，意图谋反”，却被武宗当众驳斥；他又想借祭祀之机，调动神策军施压，也被武宗以“无需劳烦神策军”为由拒绝。几次尝试均告失败后，仇士良明白，自己的权力已摇摇欲坠。
会昌三年（843年），仇士良主动向武宗请求退休。武宗顺水推舟，准其退休，并赐给他大量金银珠宝。退休前，仇士良召集宦官们前来告别，传授自己的“为官之道”：“天子不可令其闲暇，闲暇则必读书，读书则必近儒生，近儒生则必纳谏，纳谏则必疏斥宦官——此乃我辈大忌。汝等需常以奢靡之物惑天子，令其沉迷玩乐，无暇他顾，如此我辈才能长久富贵。”这番话，道尽了晚唐宦官专权的核心逻辑。
退休后的仇士良，回到长安的私宅中养老。他的私宅规模宏大，仅仆人就有数百人，家中收藏的金银珠宝、古玩字画不计其数。但好景不长，会昌四年（844年），仇士良病逝，享年六十四岁，武宗追赠他为扬州大都督。
然而，就在他死后不久，武宗接到举报，说仇士良家中私藏了大量兵器。武宗命人前去查抄，果然在其宅中搜出“兵仗数千件”——按照唐朝律法，宦官私藏兵器属谋逆大罪。武宗大怒，下令