当承接土德，成为中央天帝。”于是授予黄帝玄圭（象征土德的祥瑞之物），又赏赐他长生不老药，说：“这药可以帮助你飞升成仙，但你需要先回到人间，了结尘世的缘分。”
黄帝带着玄圭和长生药返回部落，知道自己即将离开人间，于是召集大臣们，立昌意为太子，叮嘱他们说：“我离开后，你们要辅佐昌意，遵守我的治国之法，不要丢失华夏的精神根基。”又把《黄帝内经》、音律知识、文字方法，一一托付给大臣，百姓们听说后，都痛哭流涕地挽留他。
黄帝在鼎湖岸边，修筑祭坛炼制丹药。丹药炼成那天，天空中出现吉祥的云彩，一条黄龙从天上降落，鳞片反射着太阳的光芒，胡须像悬挂在天空的云彩一样长。黄龙低下头，对黄帝说：“天帝召唤你，可以乘坐我上天。”黄帝登上龙背，大臣和百姓们争相抓住龙的身体，想跟着黄帝一起上天，黄龙抖动鳞片，人们都掉落在地上，只有黄帝和七个人飞升上天。百姓于是取出黄帝留下的衣服和帽子，埋葬在桥山，这就是黄帝陵。
黄帝飞升上天后，天帝任命他为“中央土德帝”，居住在紫微宫，统管四方天帝（东方青帝太昊、南方赤帝炎帝、西方白帝少昊、北方黑帝颛顼），主管五行中的土元素，负责孕育万物。他虽然在天界，却依然牵挂着华夏百姓：看到人间发生瘟疫，就托梦给岐伯，让《黄帝内经》完整地流传下来；看到诸侯之间发生纷争，就派遣神龙下凡，显示“龙的后裔同出一源”的征兆，让诸侯停止战争；看到百姓遭遇灾荒，就命令风雨按时到来，让五谷丰收。
后来道教兴起，尊奉黄帝为“修仙始祖”，说他得到广成子传授的道法，丹药炼成后飞升成仙，成为道教“三清”之下的重要神灵。而华夏子孙，无论身处哪个地方，都自称“黄帝子孙”“龙的传人”——黄帝讨伐蚩尤时的勇猛，创造文字时的智慧，开创医药时的仁心，飞升后对人间的庇佑，早已变成华夏民族的精神基因，跨越千年时光，永远不会磨灭。