执行任务出了差错，被止水救下，11岁加入暗部。
加入暗部后，鼬与卡卡西通常担任日斩的门卫。
某天，鼬跟随卡卡西暗中完成保护阿凯等人的任务。
期间对阿凯的队长才能刮目相看，后成功杀死与木叶为敌的忍者。
并询问卡卡西会为了任务不惜牺牲同伴，卡卡西则回答绝对会保护自己的同伴。
任务结束，卡卡西高度评价鼬的能力。
政变前夕
九尾事件照顾佐助的鼬
木叶在经历九尾破坏木叶事件后高层怀疑这场变乱是宇智波一族的族人干的，于是在志村团藏的建议下对宇智波一族地区进行24小时监控，因为二代目火影以建立木叶警务部队为由将宇智波一族隔离的木叶基本政策而不满的宇智波族人终于动政变，企图在宇智波鼬的父亲宇智波富岳领导下的政治斗争中夺取自己的地位。
《与止水在演习场切磋，心不在焉被止水打败。
数天后，因不好的预感迅完成任务赶回村里，在森林救下被团藏等人埋伏的止水。
在失去右眼之后止水为了不让左眼再落入其手、维护宇智波一族之名，将左眼托付给鼬，并嘱咐鼬要为了和平使用它、全力阻止宇智波政变，还让鼬对他的事情保密，最终跳入南贺河自尽死亡。
宇智波鼬亲眼目睹止水自杀，并开启万花筒写轮眼，宇智波鼬使用万花筒写轮眼阅读了神社内六道仙人留下的只有使用万花筒写轮眼才能阅读的文字
由于止水自杀而且宇智波鼬并没有参加那晚的集会，木叶警务部队成员怀疑是宇智波鼬杀死了止水，被鼬否定。
宇智波的惨剧
鼬和佐助
止水自杀导致宇智波一族元气大伤，士气低落，但是族人仍然决定动政变。
鼬对木叶高层汇报了这一情况，在场的高层中只有三代目火影坚持想以和平谈判的方式解决宇智波政变，但因为事情已经来不及改变最后只说请鼬帮他争取一点时间，事实上除了歼灭宇智波一族之外已再无其他办法。
灭族之夜
志村团藏之后找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作为交换让宇智波鼬诛灭全族并对佐助保密，自己以叛忍的身份搜集对木叶不利的情报。
为了保护村子防止其他国家趁虚而入，也是为了止水的意志和弟弟的性命。
鼬在痛苦与煎熬中被迫接受了灭族任务。
找到宇智波“斑”
政变当晚宇智波鼬和宇智波带土（之前鼬找到他答应帮他向宇智波一族复仇但不许他对村子和佐助出手）联手诛灭全族，宇智波鼬含泪与父母道别，他们将佐助托付给了鼬，并给弟弟设定了一个向自己复仇这一目标之后逃离木叶，临走前伪装成暗部现团藏想对佐助下杀手，威胁团藏如果敢伤害佐助就将村子情报出卖给敌国，逃离之后听从带土的建议加入了晓组织。
三代目火影默许了这个事实并答应鼬保护他的弟弟。
雾隐村行动
鼬加入晓组织后与雾隐村的叛忍，忍刀七人众之一的枇杷十藏组成了搭档共同干活，在一次潜入水之国的任务时被四代水影矢仓追击，十藏为了保护鼬而受了重伤，鼬无意中使出了万花筒写轮眼瞳术的天照秒杀了尾兽化的矢仓，而十藏也因伤势过重而死亡。
搭档斩断大蛇丸的左臂
在一次单独行动中被当时还属于晓组织的大蛇丸盯上欲夺其身体，大蛇丸偷袭鼬失败，反中鼬魔幻·枷杭之术动弹不得。
结印中被鼬用苦无斩断了左臂，在被鼬杀死之际被药师兜所救。
大蛇丸最终不敌鼬的幻术而落败，迫使大蛇丸离开晓组织。
之后参与了对飞段的劝说（与游戏《火影忍者究极风暴变革》中的晓创立时飞段加入