尔丹丹衷夫妇回藏省亲为名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏进发。他们昼伏夜行，于次年七月到达西藏北部的纳克产（今西藏奇林错东南，加林错东北）地区，顺利通过腾格里海天险，直趋达木（今西藏当雄）。防守达木的藏军与准噶尔兵发生激烈战斗。拉藏汗正欲亲自往达木迎接亲人，却得知达木已成为战场，便仓猝调集军队，在达木一带阻击敌人。双方于达木相持两个月后，藏兵抵挡不住，于十月八日退至拉萨。
十月三十日深夜，大策零敦多布围攻拉萨，第二天，攻入城内，杀死拉藏汗，拘押达赖喇嘛，抢掠各庙宇，将贵重物品运回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏组成以达克咱（即达改哇·拉嘉热丹）为第巴的亲准噶尔政权。
在策妄阿拉布坦派兵进藏之初，康熙帝判断其很有可能与拉藏汗联兵，进攻青海，因而着力加强青海的防御。康熙五十六年七月，康熙帝调署理西安将军湖广总督额伦特，由新疆巴里坤至青海西宁，料理军务粮饷；命西宁总兵官王以谦、侍读学士查礼浑在松潘预备，调荆州2000满洲兵往四川成都，太原500满洲兵往西安。九月初，康熙帝遣侍卫色楞赴青海。十月下旬，准噶尔兵正月进攻拉萨的消息，由青海亲王罗卜藏丹津奏报给朝廷，康熙帝急派都统和礼往云南；护军统领温普往打箭炉（今四川康定），防准噶尔东进川滇；命青海各台吉加强防御，并派内大臣策旺诺尔布、将军额伦特、侍卫阿齐图等，扎于青海各要地，防范准噶尔。
康熙五十七年初，康熙帝接到拉藏汗于拉萨城即将被攻破时写的奏疏。不久，又得到确切消息，拉藏汗已被杀害，西藏陷入准噶尔之手。二月十三日，康熙帝命侍卫色楞领兵2400人，由青海进讨西藏。五月十三日，色楞率兵前进到青藏交界之穆鲁乌苏（今青海通天河），将军额伦特遣人送信言，已奉旨诱准噶尔兵。对这个诱敌深入、以逸待劳的作战方案，色楞未肯接受。他求胜心切，骄傲轻敌，率兵径入西藏。额伦特奉命率兵策应，于六月十八日也越过穆鲁乌苏，由七岔河抄小路追赶色楞所部。
入藏后，色楞部接连小胜准噶尔，于是步步深入藏地，于七月二十日到达喀喇乌苏（今西藏那曲），在河北岸安营，暂待额伦特所部。约于八月初，两军会合。色楞与额伦特遂决计渡过喀喇乌苏河后，占领狼腊岭，然后挺进达木。其时，大策零敦多布已在喀喇乌苏布阵，聚集准噶尔兵和藏兵共数万人，一半防守河南岸，一半绕至清军侧后，截断了清军的饷道。清军被包围后，多次突围未成，到九月中下旬，弹尽粮绝，全军覆没。额伦特阵亡，色楞等5人被俘遇难。此战后，准噶尔更加嚣张，东进到喀木地．区，窥伺巴塘、里塘，谋犯川滇。康熙帝认为，西藏屏蔽青、滇、川，如让准噶尔长期占据，将边无宁日，遂不顾大臣们反对，决意再次出兵安藏。此次作战，进行了充分的准备。一是任命皇十四子固山贝子允禵为抚远大将军；二是派熟悉边情的四川巡抚年羹尧为四川总督，开辟由四川进藏的路线，筹足粮饷，开设驿站；三是册封塔尔寺的噶桑嘉措为新的六世达赖喇嘛，以更广泛地团结广大藏军和青海各部；四是以护送达赖喇嘛为名，进兵西藏。
康熙五十九年正月三十日，康熙帝命抚远大将军允禵率军，由西宁移驻穆鲁乌苏，居中调度；授都统延信为平逆将军，出青海，向喀喇乌苏进兵，此为清军中路；授护军统领噶尔弼为定西将军，会合云南都统武格所部，由四川巴塘进藏，此为清军南路；命靖逆将军富宁安与振武将军傅尔丹