因此，明军四处出击，去平定这些地区。
不久，中国北方得以安定，但是，中国西北地区和北方地区蒙古和突厥势力久攻不退。
于是，朱棣几次御驾亲征，深入大漠戈壁讨伐蒙古和突厥，最终全部收复北方失地，并在新疆哈密，设立哈密卫镇守明朝西域领土。
1405年北方战争进入尾声后，朱棣派宦官郑和，以开拓商贸航线为由，带领明朝舰队下南洋寻找朱允炆踪迹。
看到这里有人要问：朱棣确实知道朱允炆逃跑了？
当然知道，朱棣军的人、南京明朝廷的人和南京市民都认为朱允炆跑了，因为朱允炆带着十几万人，还有上万吨的器械和物资逃跑，不可能一点风声和痕迹都不留下吧？！
再说，当时为朱允炆一伙人逃跑的办事的人员成千上万，他们中的很多人仍然留在中国，难道朱棣领导的明朝就不能找到他们，对他们进行刑讯逼供？！
朱棣为什么刚上台，就建立自己的朝廷内阁，并建立东厂取代锦衣卫，并组建红花会、青红帮等秘密会党，对朱元璋创立洪门及白莲教会党进行清剿？因为朱棣得到确凿情报，朱允炆不仅逃跑了，而且还在明朝廷中留下很多锦衣卫和洪门的卧底，他们准备跟朱棣长期对抗。
根据史料记载，在明朝迁都和征战的过程中，朱棣多次遭受秘密会党袭击和暗算，如果不是朱棣身边有众多明暗保镖，他已经死在锦衣卫和洪门义士的手上！
当然，朱允炆设下迷魂阵起了作用，将朱棣追捕朱允炆的路线引向了南洋！
有人又要问：既然朱棣知道朱允炆逃跑了，为什么几年后采取追捕朱允炆？
原因很简单，朱允炆将明朝廷的海船全部带走了，或者销毁了，朱棣要造船才能出海。
但是朱棣要造船又没有图纸和技术资料，在短时间内朱棣朝廷也找不到造船的设计师、工程师和熟练工匠。
好在浙江宁波、福建泉州、广东潮州和广州等地有明朝的造船厂，以及造船的图纸、技术资料、设计师、工程师和熟练工匠。虽然这里技术和人员无法跟明朝庭水平相比，但是制造中国先进水平的海船应该没有问题。
因此，朱棣能够用三年时间，造出令南洋和西洋各地人民震惊的海船，已经很不容易了！
经历没有文化、技术和能力的苦头后，朱棣在全国范围内，召集精通文史、文化、科学和技术的人才，充实明朝廷文史研究院、科学研究院、技术研究院，同时在地方衙府和民间，收集各种文史、文化、科学和技术的书籍、样品、模型和装置等，充实朝廷档案馆、图书馆、技术展示馆。
同时，在京城周边设立门类齐全的工厂和作坊，生产国家在文化建设、科技研究、军队和国防建设急需的仪器、工具、材料和装备，同时培养和储备国家文化及科技人才。