续数月，最终李三才被迫辞官回乡。顾宪成在《与李修吾书》中感叹：“名高速谤，气盛招尤，此古今之通患也。然公之志，如日月昭昭，虽一时蒙尘，终当重光。”这句话后来被刻在李三才的墓碑上。
东林党的议政，不仅限于朝堂。他们还关注民生疾苦，提出“均田赋”“减徭役”等主张。万历四十年（1612年），江南大旱，顾宪成带头捐款，组织书院师生下乡赈灾。他在无锡设立粥厂，亲自煮粥分发给灾民，百姓们感激涕零。
然而，东林党的崛起也引发了激烈党争。浙党、齐党、楚党联合起来，称东林为“邪党”，攻击他们“空谈误国”。万历四十三年（1615年），梃击案爆发，太子朱常洛遇刺，朝堂内外互相指责。东林党主张严查幕后主使，而浙党则力主草草结案。这场风波最终以“疯汉张差单独作案”结案，却让东林党与其他党派的矛盾彻底激化。
顾宪成晚年体弱多病，仍坚持讲学。他在书院开设“经济科”，教授学生如何治理河道、整顿盐政。有次讲到“农桑为本”，他带着学生到田间地头，亲自示范如何改良稻种。
万历四十年（1612年）九月，顾宪成病逝于东林书院，享年62岁。临终前，他握着高攀龙的手说：“我一生所求，不过是让天下人都能安心读书、关心国事。若后世有人骂我结党，你便说，东林之党，乃道义之党，非权势之党。”
他的葬礼轰动江南，数万百姓自发前来送葬。有人在书院门口贴了副挽联：“品节冰霜，论学古今真御史；文章经济，传家俎豆大先生。”万历皇帝闻讯，虽未赐谥号，却默许地方为他立祠祭祀。
如今，东林书院的讲堂里，顾宪成的画像依然端坐在正中。画像两侧，悬挂着那副闻名遐迩的楹联。他的声音仿佛穿越时空：“天下事非一家之私，乃万民之公。读书人为天地立心，为生民立命，此志不可夺也。”