得上百万大军，秦叔宝他们几个将领，都是万中无一的好汉。”那时候的瓦岗军，正是鼎盛时期，李密凭借着秦叔宝、程知节（程咬金）等一批猛将，一度成为隋末起义军中实力最强的一支，甚至有了争夺天下的资本。
可惜好景不长，大业十四年，李密率领瓦岗军与王世充在洛阳附近的邙山展开决战。李密因为骄傲轻敌，中了王世充的埋伏，瓦岗军大败。秦叔宝在乱军中奋力厮杀，保护着李密杀出重围，可瓦岗军的主力已经溃散，再也无法恢复往日的声势。李密走投无路，只好带着少数亲信投奔了李渊，秦叔宝则在混乱中被王世充俘获。
王世充早就听说过秦叔宝的威名，知道他是个难得的猛将，于是对他十分优待，封他为龙骧大将军，想让他为自己效力。可秦叔宝跟着王世充相处了一段时间，渐渐发现此人阴险狡诈，心胸狭隘，而且喜欢说空话，根本不是能成就大业的君主。尤其是王世充在洛阳称帝后，更是变得猜忌多疑，对手下将领处处提防。秦叔宝心里很是不满，私下里对程知节说：“王世充此人，表面上装作仁义，实际上却是个奸臣，跟他共事，早晚没有好下场。咱们不如趁现在还有机会，投奔李渊父子，那李渊父子在关中仁政爱民，又有雄才大略，将来必定能平定天下。”程知节也早有此意，两人一拍即合，决定找机会离开王世充。
武德二年，王世充率军攻打谷州，秦叔宝和程知节都随军出征。两军在阵前对峙时，秦叔宝突然带着程知节等数十人，骑着马缓缓走出阵前。王世充以为他们要出战，还在阵前喊话说：“秦将军，今日就看你的了！”可秦叔宝却在马上对着王世充拱手说道：“末将蒙将军厚待，本想报答，可将军的所作所为，并非是拨乱反正、拯救天下的正道。末将不愿与将军为伍，今日特来告辞，还望将军恕罪。”说完，便带着众人调转马头，朝着唐军的阵地奔去。王世充又惊又怒，可他知道秦叔宝的勇武，不敢派兵去追，只能眼睁睁看着他们投奔了唐军。
秦叔宝投奔李渊后，李渊知道他是个难得的将才，把他派到了秦王李世民麾下。李世民早就听说过秦叔宝的威名，对他十分敬重，当即任命他为马军总管，让他跟着自己征战四方。秦叔宝也终于找到了能施展自己才华的明主，从此忠心耿耿，跟着李世民南征北战，立下了赫赫战功。
武德三年，也就是公元620年，宋金刚联合刘武周，率领大军南下进犯唐朝，先后攻占了并州、晋州等地，唐军节节败退，李渊甚至一度想放弃河东地区，退守关中。李世民却坚持认为河东是关中的屏障，不能轻易放弃，主动请缨率军出征，讨伐宋金刚。秦叔宝作为李世民麾下的猛将，自然也随军前往。
当时正值寒冬腊月，天寒地冻，唐军将士冒着严寒，一路北上。宋金刚的军队凭借着骑兵的优势，机动性很强，常常采取游击战术，唐军一时难以捕捉到敌军的主力。李世民知道，想要击败宋金刚，必须先断了他的粮草供应，于是派秦叔宝率领一支精锐骑兵，在宋金刚的粮道上设伏。
秦叔宝领命后，带着士兵在一个名叫美良川的地方埋伏了下来。这里是宋金刚粮草运输的必经之路，两侧都是高山，中间只有一条狭窄的通道，十分适合打伏击。没过多久，宋金刚的运粮队果然出现了，几百辆粮车在骑兵的护送下，缓缓走进了山谷。秦叔宝见时机已到，一声令下，唐军将士从两侧山上冲了下来，箭如雨下，杀向敌军。
运粮队的敌军毫无防备，顿时乱作一团。秦叔宝手持马槊，一马当先冲入敌阵，槊尖所到之处，敌军纷纷落马。有一个敌军将领见秦叔宝勇猛，提着大刀冲了过来，想要阻拦他。秦叔宝毫不畏惧，侧身避开大刀，手中马槊顺势往前一刺，正中那将领的胸口。那将领惨叫一声，倒在马下。敌军见主将被杀，更是军心涣散，纷纷丢下粮车逃走。秦叔宝率领唐军乘胜追