皋三任首辅因为这事被迫辞职，一百多位大臣被罢官流放。顾宪成被赶回无锡老家，在东林书院讲学，把“国本之争”的是非拿出来议论，渐渐形成了影响晚明政局的“东林党”。而反对东林党的官员，又抱团形成“齐党”“楚党”“浙党”，朝堂成了吵架的菜市场。
民间更是流言四起。有人编了《玉盒记》，把万历和郑贵妃的“密约”编成戏曲，连三岁孩童都能唱几句：“玉盒藏誓言，东宫空十年。龙椅晃悠悠，国本悬九天。”有个叫雒于仁（òyúrén）的小官，干脆写了《酒色财气四箴疏》，骂万历“耽于酒色，贪财好货，喜怒无常”，把“国本之争”的根子归结为皇帝昏聩。
最遭殃的还是老百姓。万历为了给朱常洵办婚礼，一口气搜刮了江南八省的赋税，又派太监去各地开矿征税，闹得民怨沸腾。河南的福王府，占了全省一半的良田，百姓编歌谣骂：“福王就藩，民穷财尽。”后来李自成起义，第一个攻打的就是洛阳，把朱常洵扔进锅里炖了“福禄汤”，这是后话。
万历三十一年，朱常洛总算被立为太子，可万历心里始终有疙瘩。太子读书的文华殿，窗户纸破了没人补，冬天冻得瑟瑟发抖；而福王府的装修，用的都是金砖铺地、琉璃砌墙。
有次太子觐见，万历故意让他在殿外等了两个时辰。天下着大雨，朱常洛淋得像落汤鸡，却不敢擅自离开。站在廊下的给事中杨涟看着心疼，忍不住对同僚说：“太子乃国之根本，如此受辱，国祚堪忧啊！”
这话传到万历耳朵里，把杨涟贬到了贵州。可杨涟临走前，还是给太子磕了三个头：“殿下忍辱负重，终有拨云见日那天。”谁也没想到，这“拨云见日”竟是场更大的劫难——朱常洛登基一个月就暴毙，他的儿子朱由校继位后，重用魏忠贤，把大明朝彻底推向了深渊。
“国本之争”的三十年里，明朝错过了最后一次中兴的机会。张居正改革留下的家底，被万历折腾光了；东北的努尔哈赤悄悄崛起，朝廷却忙着内斗；江南的工商业萌芽，被无休止的加税扼杀。难怪《明史》里说：“论者谓明之亡，实亡于万历。”