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晚年的海瑞，依旧穿着破旧的官袍，吃着粗茶淡饭。有次生病，朋友来看他，见他家里连像样的家具都没有，床上铺着粗布褥子，忍不住掉泪：“海大人，您当了一辈子官，怎么过得这么清苦？”海瑞笑了：“我是朝廷的官，又不是财神爷，要那么多钱干什么？”
万历十五年（1587年），海瑞在南京去世，享年七十四岁。他死前，还在看关于江南税赋的奏折，桌上放着没吃完的粥。佥都御史王用汲（ji）来给他办丧事，发现他家里只有十几两银子，连丧葬费都不够，还是同僚们凑钱才把他安葬。
消息传到苏州，百姓们罢市三天，穿着孝服去江边送葬，船队长达百里。有人画了他的画像，供在祠堂里，说：“海大人心里装着我们百姓啊！”
《治安疏》后来被收录进《海瑞集》，成了千古名篇。这篇奏折最厉害的地方，不是骂得多狠，而是骂得有理有据——它不像一般的谏书那样拐弯抹角，而是直戳嘉靖帝的痛处，却又给出了解决办法，说“只要陛下改过，天下就能变好”。这种“骂是爱”的忠谏，让后世无数文人佩服。
清代的学者赵翼说：“海瑞之谏，言人所不敢言，虽死何憾！”
有个民间传说，说海瑞死后，到了阴间，阎王爷见了他，赶紧起身相迎：“海大人，您在阳间敢骂天子，在阴间也敢骂我吧？”海瑞说：“只要您秉公断案，我为何要骂？若您不公，我照样敢说！”阎王爷哈哈大笑：“难怪玉皇大帝都夸您‘宋包公，明海瑞’，真是铁骨铮铮！”
其实，海瑞的可贵，不在于他敢骂皇帝，而在于他敢坚持“是非”。在那个“多磕头，少说话”的官场，他像一根标杆，告诉人们：官员只要心里装着百姓，就能留名青史。