氏、儿子黄永逮捕入狱。翁氏知道自己难逃一死，在狱中对儿子说：“你父亲是忠臣，我们不能辱没他的名声。”随后，翁氏带着黄永一起投水自尽。可陈瑛却不罢休，又下令搜捕黄观的族人，将他的叔伯、兄弟共二十余人全部处死，理由是“他们明知黄观‘谋逆’，却不举报，属同党”。
同年，苏州府有个名叫高启的诗人，曾在建文朝任翰林院编修，朱棣登基后，高启辞官归隐，专心写诗。高启曾写过一首《题宫女图》，诗中有“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来”的句子，朱瑛便认定高启是“借诗讽刺，怀念建文”。他当即下令将高启逮捕，押赴南京。高启在狱中辩解，说自己只是“咏史怀古，并无他意”，可陈瑛根本不听，奏请朱棣将高启“腰斩”——这是一种极其残酷的刑罚，将人从腰部砍成两段，让人在痛苦中慢慢死去。高启死后，他的朋友、学生中有三十多人被牵连，有的被流放，有的被处死，苏州的文人圈子一时间人心惶惶。
陈瑛的滥杀，甚至波及到了朱棣的亲信。永乐三年（1405年），都察院御史解缙因才华出众，深得朱棣信任，奉命主编《永乐大典》。可解缙曾在建文朝任翰林院庶吉士，虽早早归附朱棣，却也被陈瑛盯上了。陈瑛查到，解缙在主编《永乐大典》时，收录了不少建文朝的诗文，便上书弹劾解缙“私藏建文文献，意图复辟”。朱棣起初不信，觉得解缙是“有功之臣”，可陈瑛却不断上奏，还拿出解缙收录的诗文，逐字逐句“解读”，说某句是“怀念建文”，某句是“讽刺陛下”。久而久之，朱棣也对解缙起了疑心，虽没治他的罪，却将他调离了《永乐大典》的编修团队，派往广西任布政使司参议。
陈瑛还鼓励“告密”。他下令，只要有人举报“靖难余党”，无论真假，都能得到赏赐；若举报属实，还能当官。这道命令一出，南京城顿时掀起了“告密之风”。有人为了升官发财，诬告邻居于“建文旧臣”有来往；有人为了报私仇，陷害仇人“私藏建文诏书”。陈瑛对这些举报来者不拒，每举报一人，就派人去查，不认罪就用刑，直到犯人“认罪”为止。据《明史》记载，永乐前三年，因“靖难余党”案被处死的官员、百姓达数万人，流放者更是不计其数，南京的监狱里人满为患，刑场上每天都有犯人被处死。
有一次，朱棣在宫中设宴，看到窗外飘着雪花，随口说了句“今年雪下得早，不知百姓是否寒冷”。陈瑛当即接话：“陛下仁德，心系百姓。可如今仍有建文余党潜藏民间，若不彻底清除，百姓难以安居乐业。臣请陛下准许，再派御史到各地巡查，务必将余党全部抓获。”朱棣听了，沉默了，最后说：“此事容后再议。”——此时的朱棣，片刻或许已经察觉到陈瑛的滥杀。
永乐六年（1408年），陈瑛不仅掌管都察院，还兼任锦衣卫都指挥佥事，监察百官的同时，还掌控着特务机构，朝中官员无不畏惧他，连六部尚书见了他，都要礼让三分。陈瑛更加肆无忌惮，开始对朱棣的亲信大臣下手，最终触怒了朱棣。
这年夏天，陈瑛弹劾隆平侯张信“贪赃枉法，强占民田”。张信是朱棣的功臣，当年朱棣起兵时，张信曾向他通风报信，帮他躲过了建文帝的抓捕，朱棣登基后，封他为隆平侯，十分信任。陈瑛弹劾张信，理由是“张信在北平任上，强占民田三百亩，还纵容家奴殴打百姓”。朱棣知道后，觉得陈瑛“小题大做”，毕竟张信是自己的功臣，这点“小错”不足以定罪，便驳回了陈瑛的弹劾，还特意召见张信，安慰他说：“陈瑛此人过于严苛，你不必放在心上。”
可陈瑛却不罢休，又连续三次上书弹劾张信，还拿出了“证据”——几张百姓的“控诉状”，说张信的家奴如何殴打他们，如何强占他们的田地。朱棣见状，虽有些不满，却也只好下令让张信“退田还民，罚俸一年”，算是给了陈瑛一个