天命十一年（1626年），沈阳城，寒皇太极望着城楼下那些披甲带刃的八旗贝勒，忽然意识到此时的后金，像一匹套着旧鞍的烈马，既有踏破山河的力气，却缺一副能驾驭天下的缰绳
早在万历四十三年（1615年），努尔哈赤已将部众编为黄、白、红、蓝四旗，后又增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称“八旗”。《清史稿·兵志》记载：“每三百人为一牛录，五牛录为一甲喇，五甲喇为一固山，固山即旗也。”这种源于狩猎组织的编制，战时为兵，闲时为农，把分散的女真部凝聚在了一起。
皇太极接手时，八旗更像八个独立王国。《清实录》里写，四大贝勒（代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极）“按月分值，国中一切机务，俱令值月贝勒掌理”（四大贝勒按月轮流执政，国家所有重要事务，都由当月值班的贝勒负责处理）。皇太极坐在汗位上，旁边还得给三位兄长设座，议事时甚至要起身行礼。
要把八旗变成真正的国家机器，就得削掉贝勒们的权。天聪三年（1629年），皇太极先拿镶蓝旗旗主阿敏开刀。这位贝勒在永平之战中屠城掠财，还弃城而逃，被皇太极抓住把柄，以“心怀异志”为由将他圈禁终身。《啸亭杂录》里记了个细节：阿敏被关在高墙内，还养了一群鸭子，每日听鸭叫解闷，直到十年后病死——这既是对跋扈者的惩戒，也是给其他旗主的警告。
接着，皇太极又将正黄旗、镶黄旗收归自己直辖，开创了“上三旗”（镶黄、正黄、正白）由皇帝亲掌的制度。那些原本归贝勒私有的牛录，被重新整编，旗人对旗主的依附，逐渐转向对汗廷的效忠。有个叫库尔缠的镶白旗人，原本是贝勒多尔衮的属人，却敢在朝堂上顶撞多尔衮，只因他喊出一句：“吾事汗犹事尔也！”（我侍奉大汗就像侍奉你一样！）这话放在以前要掉脑袋，此时却让皇太极龙颜大悦。
天聪十年（1636年）三月，沈阳城里忽然多了三个新衙门，门口挂着“内国史院”“内秘书院”“内弘文院”的牌子。这便是皇太极效仿明朝内阁设立的“三院”，《清史稿·职官志》说它们“掌记注、出纳、文翰之事”（负责记录历史、收发奏章、草拟文书等事务）。
在此之前，后金的文书往来全靠蒙古文和满文，连给明朝写国书都得找汉人秀才代笔。有次袁崇焕给努尔哈赤写回信，故意用汉文夹杂俚语，气得努尔哈赤摔了信：“这南蛮子是在骂我不懂文墨！”皇太极深知，要成大业，不能光靠刀枪，还要熟悉汉族文化。他重用范文程、宁完我等汉人谋士，让他们在三院里翻译儒家经典，给贝勒们讲《论语》，《孟子》。
内国史院的大学士刚林，原是个只会打猎的女真汉子，被皇太极逼着学汉字。有天他给皇太极讲《资治通鉴》，讲到唐太宗纳谏，忽然拍着大腿说：“汗王您设三院，不就像唐太宗设谏官吗？以后谁再敢像阿敏那样胡闹，咱就把他写进史书里，让他祖宗都蒙羞！”皇太极听了大笑，当即赏了他一件蟒纹袍。
以前贝勒们议事，拍板全凭口头约定，现在得由秘书院写成文书，盖上“天聪汗之印”才算数。有次正红旗旗主代善想把自己的牧场换给儿子，文书递到内秘书院，被范文程打了回来：“旗地乃国家根本，岂能私相授受？”代善气得要拔剑，却被皇太极按住：“范先生说的是，以后这事得经三院议过才行。”
内弘文院则像所皇家学校，不仅教皇子读书，还负责给旗人子弟开蒙。有个叫索尼的侍卫，在弘文院听了《论语》“其身正，不令而行”，回去就把自己抢占的汉人田产还给了原主。这些细微的变化，像春雨润田般改变着后金——那个靠抢掠为生的部落联盟，正慢慢学会用制度治理天下。
三院里的汉人谋士的仕途也不是一帆风顺。宁完我曾因赌博被革职，后来皇太极又把他召回，说：“