组织为了野心而冒险，试图染指重伤的神明；关都的联盟为了秩序而调度，应对着来自各方的威胁；合众的黑暗在清剿中潜伏，等待着卷土重来的机会。
而在所有这一切之上，那名为“d”的至高意志，依旧冷漠地注视着。祂禁锢了奈克洛兹玛，转移了赤红等人，引导着科斯莫古的进化…所有的暗流与奔涌，似乎都未能超出祂那庞大而精密的剧本。
风暴，正在全球范围内酝酿。而阿罗拉，这个看似平静却暗藏最大危机的群岛，即将再次成为漩涡的中心。宝可梦学校的众人，即将为了守护家园与希望，踏上征途。他们的行动，又将在这盘错综复杂的棋局中，引发怎样的连锁反应？